原创《橡胶树HeveaDB基因组数据库平台完成测试》
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近日,“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队负责搭建的橡胶树HeveaDB基因组数据库平台(hevea.catas.cn)上线运行(图1),并在国际橡胶研究与发展委员会(IRRDB)各成员国间开展测试工作.经过1个月的测试,数据库平台各项指标保持稳定,运行可靠,达到预期效果.
近些年来,随着基因组测序技术的进步,已有4个国家(马来西亚、泰国、中国和日本)独立绘制并公开发表了橡胶树基因组图,其中以中国热科院橡胶所完成的草图版本质量最高.同时还产生了大量转录组数据,这些数据亟需一个整合的数据平台来储存、分发和共享,并进行二次挖掘利用.2017年在印尼雅加达召开的IRC2017国际橡胶会议上提出要搭建橡胶树基因组数据中心的计划.在IRRDB理事会上中国热科院代表经过争取,获得了牵头搭建橡胶树基因组数据中心的任务,并由“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队承担开发工作.经过几个月的努力,创新团队成功搭建了橡胶树基因组数据库HeveaDB初期版本,并在2018年4月底在国内外开展试运行测试.
HeveaDB数据库主要储存了橡胶树4个版本的基因组草图、1个遗传图谱、142个转录组数据、49 235条EST序列、30 200个基因注释、12个基因家族的信息,以及5 049个IRRDB 1981’野生种质资源材料和18 328个魏克汉材料信息,并以中国热科院橡胶所完成的热研7-33-97品种的基因组数据为参考基因组,进行了二次挖掘和分析,进行可视化展示.主要特色功能有：基因组Gbrowse和Jbrowse可视化浏览、基因表达谱的heatmap展示和检索、共表达网络展示等.
在数据库测试期间,项目开发成员还编写了使用说明,并通过微信平台进行宣传,提高了数据库的易用性.
经过1个月的试运行,HeveaDB数据库访问量达到一千六百余次,共有来自中国、马来西亚、法国、巴西、日本、印度、越南、英国、印度尼西亚等十余个国家和地区的两百多位独立访客点击访问了HeveaDB数据库,并反馈了意见和建议.下一步,将根据建议在数据库易用性、后基因组数据分析等方面进行二次开发和功能升级,并根据橡胶树基因组研究进展及时更新数据内容.
HeveaDB数据库由中国热科院橡胶研究所程汉研究员牵头搭建,相关工作得到了中国热科院“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队和像胶研究所基本业务费项目国际合作专项的资助.
(摘自中国热科院橡胶研究所网,http://www.catas.cn/index.html,2018-06-05)
数据库论文参考资料：
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