原创《网状Meta分析中对R软件nlme程序包的开发和应用》
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摘 要：nlme程序包是以广义最小二乘法和线性混合效应模型的基础上研发的,能够对R软件进行广义线性和非线性混合的Meta分析.Nlme程序包能够对网状Meta进行分析,在此过程中要转换数据,这样才能够使其为对数值进行之后运算.本文主要介绍了R软件nlme程序包的网状Meta分析过程,并且详细介绍了数据转化的过程步骤.
关键词：网状Meta；R软件；nlme程序包；开发和应用
中图分类号：TP311 文献标识码：A
1 引言(Introduction)
目前,网状Meta分析在不断的发展,基于此,越来越多的软件被陆续研究及开发出来,运算模型也逐渐进入到人们的视野中,受到人们的密切关注,其中包括广义线性模型.广义线性模型的主要特点就是不强制性的改变数据的自然度量,并且GLM模型中的Y分布能够以各种形式指数分布(要想详细了解网状Meta分析及广义线性模型的读者建议阅读参考文献[5]).
nlme程序是基于S语言通过S-PLUS软件实现混合效应模型分析的一款软件.所以,它不仅能够进行线性模型,还能够进行非线性混合效应模型分析,nlme程序还能够实现Meta分析.本文就以《R软件nlme程序包在网状Meta分析中的应用》文中的实例进行分析.
2 软件和程序包的安装和加载(The installation and
loading of the software and package)
要想研究网状Meta分析对R软件nlme程序包的开发和应用,首先就要安装R软件,其安装根据电脑提示步骤完成即可,本文使用的是R-3.0.1.完成上述步骤以后,安装nlme程序包,安装程序包的命令为：install.package(“nlme”),在程序包安装过程中,会有一个对话框,选中对话框中的CRAN安装,然后安装成功,利用library命令完成加载步骤.那么,软件和程序包就算是安装和加载成功了[1].
3 加载数据及预处理(Data loading and preprocessing)
(1)加载数据
实现R软件nlme程序包中网状Meta分析的实现和应用主要是将因变量y变为效变量,把自变量x变为干预措施,之后根据干预措施进行比较以此计算线性关系.本文中将y设置成log,将x设置成十三种药物,并且将这些药物之间进行了相应的对比和标记[2].
本文中具有3臂实验,那么就要将数据中的3臂实验分为2臂依次排列(详见表1),加载数据的程序为：
Linedata<-Read.table(“D:Users\Administrator\Dsektop\linedata.txt”,header等于TRUE)
(2)转化数据
线性模拟以前,要计算log和方差,那么就需要使用到metafor程序包[3].转化数据的步骤为：
其一,通过library(“metafor”)命令实现数据包的加载和metafor程序包的安装.
其二,计算效应量或者因变量log,本例子为二分类数据,所以metafor程序包使用的是escalc命令.
其三,将变量的名称进行转换,其代码为：
Names(metadata)[8:9]<-c(“yi”,”vi”)
8:9表示的是8和9行分别对应的数据集.
(3)标示药物
之后,要对metadata数据中的药物进行相应的配对表示,运用到lme()函数中[4],标示药物使用的命令程序为：
Mark<-paste(as.character(metadata l1),as.character(metadata l2))
(4)汇总数据
数据处理以前,要对之后进行预处理的数据进行总结和搜集[5],其主要命令为：Totaldata<-cbind
(metadata,matrixdata,mark)
说明：kind表示序号；t1、r1表示干预组治疗方案、例子总和；t2、r2表示对照组治疗方案、例子总和；A-E表示十三种药物中的五种都是原始数据；yi表示通过计算得出的研究组效应量对数；vi表示通过计算得出的研究组方差；make表示药物配对的标记结果；本例子中的lme()函数的最终数据集就是变量yi和mark.
4 实现网状Mata分析(Implementing the network
meta-analysis)
在选取网状meta分析功能软件以前,要通过mtc.mode()命令设置model,命令为：
model<-mtc.model(network,type等于"Consistency",
n.chcain等于3)[7]
其中yi-0+B+C+D+E是固定不变的,-的左边表示效应量,右边表示13种药物.对于自变量要设置n-1个哑变量,其他的用0表示.另外,还要将A换为0进行计算,make表示药物标记.因为不同数据精准计算的不同需求,有时候还要设置参数,包括算法、权重及相关性.运行以上代码之后进行汇总,将A药物作为例子,从而得出命令：summary(lme).
网状数据结构的分析和内涵为：
>summary(network)
Decription
[1]"MTC dataset:Example"
´Studie per treatment´
A B C D E
25 4 5 8 4
´Number of narmstudise´
2 arm 3 arm
52
12
5 绘制图形(Drawing graphics)
最后一步就是通过R软件的绘图功能,绘制与数据结果相关的图形[8].下文中的图形就是使用R软件的形式保存的图形.
(1)网状关系图
nlme程序包中并没有绘制网状关系图的功能,那么就要通过R软件进行.
(2)相关图形
nlme程序包绘制的图形和命令有四种：其一,收敛诊断.其命令为gelman.plot(results)；具有十三个gelman plot,通过此命令显示“par(mfrow等于c(3,5)) nlme.plot(results,auto.layout等于f)”其二,轨迹和密集.其命令为plot(results)；其三,森林.其命令为forest(results)；其四,网状关系.其命令为plot(network)[9].
6 结论(Conclusion)
网状Meta分析在GLM中的运用正在不断的创新和突破,但是在比较方面还是存在一系列的问题,尤其是在图形绘制方面,另外,其中还要添加一系列的一致性的参数.在进行分析的时候,要先转化数据.nlme程序包为Meta分析打开了全新的方式和思路,目前其还有许多需要完善的部分,比如一致性、异质性的检测等,其最大的缺点就是没有检测功能.社会在不断的发展,nlme程序包也会不断的完善,并且被广泛应用到Meta分析中.
参考文献(References)
[1] Fu R,et al.Effectiveness and Harms of Recombinant Human Bone Morphogenetic Protein-2 in Spine Fusion:a Systematic Review and Meta-Analysis[J].Annals of Internal Medicine,2013,158(12):890-902.
[2] Ten Broek R P,et al.Different Surgical Techniques to Reduce Post-Operative Adhesion Formation:a Systematic Review and Meta-Analysis[J].Human Reproduction Update,2013,19(1):12-25.
[3] Ghooshkhanei H,et al.Risk Stratification and Prognosis Determination Using(18)F-FDG PET Imaging in Endometrial Cancer Patients:a Systematic Review and Meta-Analysis[J].Gynecologic Oncology,2014,132(3):669-676.
[4] 张超,等.应用R语言netmeta程序包实现网状Meta分析[J].中国循证医学杂志,2014(5):625-630.
[5] 张超,玉明,曾宪涛.R软件nlme程序包在网状Meta分析中的应用[J].中国循证医学杂志,2014(3):355-360.
[6] YI Yuexiong.网状Meta分析图形结果解读[J].中国循证医学杂志,2015(1):103-109.
[7] 张超,徐畅,曾宪涛.网状Meta分析中网状关系图的绘制[J].中国循证医学杂志,2013,13(11):1382-1386.
[8] 汪徐林,等.Stata软件在网状Meta分析中的应用[J].现代预防医学,2016,43(19):1387-1391.
[9] 罗美玲,等.在R软件中实现单个率的Meta分析[J].循证医学,2013,13(3):181-184.
作者简介：
王凤岐(1981-),男,本科,讲师.研究领域：软件工程.
软件论文参考资料：
上文结束语,此文为一篇关于程序包和R软件nlme程序包和网状方面的相关大学硕士和软件本科毕业论文以及相关软件论文开题报告范文和职称论文写作参考文献资料。
